患者服用普纳替尼一段时间后，患者骨髓内的白血病细胞百分比无明显下降，或是一时减少，但在短期休疗后很快又增长至化疗前水平，这种情况即可视为耐药。

相关资料显示，普纳替尼的耐压是通常为6一12个月，但根据患者自身及疾病轻重不同，耐药时间也会不同。

普纳替尼可通过占据BCR/ABL蛋白结合ATP的位点，抑制该酶的活性，患者服用普纳替尼耐药后，需要进行abl1激酶突变检测，如患者出现其中突变，需要对症治疗，如：

1.出现V299L，T315A，F317L/V/I/C的患者，可以服用尼洛替尼治疗；

2.出现Y253H，E255K/V，F359V/C/I 的患者，可以服用达沙替尼治疗；

3.出现E255K/V,F317L/V/I/C,F359V/C/I,T315A,Y253H患者，可以服用博舒替尼；

4.普纳替尼适用于含有ABL突变型T315I的患者治疗。

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