氟马替尼最常见的不良反应包括血小板减少，白细胞减少，中性粒细胞减少，腹泻，腹痛，丙氨酸氨基转移酶升高，天门冬氨酸氨基转移酶升高，血磷降低，血钙降低，血清脂肪酶升高，心电图检查异常等。

对于出现严重药物不良反应的患者应及时就医，由医师判断是否减量、中断或永久中止氟马替尼的治疗。

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